Higiena i czystość to jedne z najważniejszych czynników gwarantujących bezpieczną i zdrową żywność. - Obowiązujące w Polsce przepisy prawa nakładają na przedsiębiorstwa spożywcze obowiązek wdrażania systemu HACCP, którego elementem jest Dobra Praktyka Produkcyjna (GMP). GMP reguluje i opisuje systemy utrzymania czystości i higieny na odpowiednim poziomie, zapewniającym produkcję bezpiecznej żywności.  Higiena w przemyśle spożywczym rozumiana jest jako czystość pomieszczeń, maszyn i urządzeń, a także higiena personelu, natomiast czystość to czystość mikrobiologiczna.  Powstały preparaty chemiczne dostosowane do specyfiki zakładów spożywczych (mleczarni, zakładów mięsnych, przetwórni owoców i warzyw itp.) oraz do specyfiki prowadzonych procesów. Obecnie używane środki chemiczne zawierają w swoim składzie substancje dodatkowe obniżające napięcie powierzchniowe, zapobiegające pienieniu się środków myjących czy wręcz przeciwnie tworzących gęstą i trwałą pianę, inhibitory korozji itp. Do dezynfekcji oprócz bardzo popularnego podchlorynu sodu używa się perhydrolu, kwasu nadoctowego czy dwutlenku chloru (ClO2).  Zapewniają one ochronę przed takimi czynnikami chorobotwórczymi jak bakterie, wirusy, pasożyty i grzyby.